Powszechnie uważa się, że Baudelaire zmarł na syfilis, podobnie jak jego wieloletnia kochanka, był też uzależniony od laudanum i przypuszczalnie od opium, nadużywał alkoholu, przez lata pędził życie kloszarda. W 1866 r. podczas pobytu w Belgii doznał wylewu krwi do mózgu i został częściowo sparaliżowany. Rok później zmarł w klinice w Paryżu i został pochowany na cmentarzu Montparnasse.